Para a disputa do Campeonato Paranaense o técnico Caio Júnior foi mantido no comando, e com um time a base de jogadores jovens, o Paraná é eliminado na primeira fase.
Sob o comando de Ari Marques e com um time formado basicamente por jogadores da categoria de júnior e outros que não estavam sendo aproveitados na equipe principal, o Paraná Clube participa do Torneio Sesquicentenário, promovido pela FPF.
Já para a disputa do brasileiro o tricolor contratou o técnico Cuca, além de alguns jogadores para reforçar o elenco como o goleiro Flávio, o lateral Valentim, os meias Marquinhos e Fernandinho e o centro avante Renaldo. A primeira vitória na competição aconteceu no dia 6 de abril, no clássico diante da equipe do Atlético (PR). Fernandinho, Renaldo e Marquinhos marcaram os gols da primeira vitória.
Na décima rodada houve a mudança no comando técnico: saía Cuca e entrava Adilson Batista. O novo treinador estreava com uma bela goleada de 6x2 diante do Flamengo, no Pinheirão. Algumas vitórias foram marcantes como os 4x0 no Vasco e os 3x0 no Flamengo atuando como visitante, além dos 3x1 no Grêmio, 4x1 no Fortaleza, 4x2 no São Paulo e os 4x0 no Internacional, jogando como mandante. Na última partida do campeonato, contra a equipe do Vitória, o Paraná Clube ganha por 2x0 e garante uma vaga para a Copa Sul-americana de 2004.
Em sua décima primeira participação no Campeonato Brasileiro da 1ª divisão o Paraná Clube ficou em 10° lugar, conquistando 18 vitórias e 11 empates, tendo o centro avante Renaldo como vice-artilheiro da competição com 30 gols. Nessa mesma temporada, o Paraná teve o melhor ataque em um campeonato brasileiro, com 85 gols marcados em 46 jogos – média de 1,85 gols por partida.